Madrasah Aliyah Attaqwa Putra merupakan salah satu lembaga pendidikan di bawah naungan Pondok Pesantren Attaqwa Putra yang dikelola oleh Yayasan Attaqwa yang dulu bernama Yayasan Pembangunan, Pemeliharaan, dan Pertolongan Islam (P3I). Pondok Pesantren Attaqwa Putra didirikan oleh KH. Noer Alie pada tahun 1940 sekembalinya beliau menuntut ilmu di Mekkah. Pada waktu itu sistem pembelajaran di pesantren tersebut masih bersifat tradisional.
Pada tahun 1960 didirikannya lembaga MMA (Madrasah Menengah Attaqwa) dipimpin oleh KH. Ma’aly Syamsuddin (1960-1962), pada tahun 1962 MMA berubah nama menjadi Madrasah Aliyah Attaqwa yang di pimpin Al-Marhum KH. Ahmad Tajuddin (1962-1986), selanjutnya Madrasah Aliyah Attaqwa Putra dipimpin oleh Al-Maghfurlah Abuya KH. Nurul Anwar, Lc. (1986-1998), kemudian dilanjutkan oleh KH. Ahmad Masilla, Lc. MMPd. (1998-2013), kemudian dilanjutkan oleh H. Asep Sofyan Hariri, Lc., M.Pd.I (2013-2018) dan sekarang Madrasah Aliyah Attaqwa Putra dipimpin oleh Dr. KH. Iman Fadlurrahman, Lc., MA. (2018-Sekarang).